Заповідник опікується збереженням архітектурного комплексу найдавнішого православного монастиря України (перша згадка — 1051 рік), його художньої й історико-культурної спадщини. Лаврський архітектурний ансамбль включений до Списку пам’яток всесвітньої спадщини ЮНЕСКО. Територію Києво-Печерської лаври, що займає біля 26 гектарів, здавна умовно поділяють на дві частини — Верхню й Нижню. 

На Верхній лаврі розташовані найвідоміші наземні пам’ятки — Успенський собор, Троїцька надбрамна церква, церква Спаса на Берестові, а також Національний музей декоративного мистецтва України, Музей книги і друкарства України, Музей театрального, музичного та кіномистецтва України, Скарбниця Національного музею історії України.

На території Нижньої лаври розміщується православний чоловічий монастир. У пагорбі під ним пролягають лабіринти Ближніх і Дальніх печер — розгалужена система рукотворних підземних коридорів, у яких розташований підземний некрополь, священний для православних християн.